Webサーバ上でデータベースを作ろうと思ったので、まずSQL文の練習をすることにしました。 csvファイルでデータをもらった後、軽量なデータベースであるsqlite3にデータを移しました。 python組み込みのsqlite3モジュールを使用しました。 データの用意 まず…

「ネットワークはなぜつながるか（第2版）」 古い本ですが、未だに内容は通用する名著です。クライアントとサーバーの間の通信で何がおきるか、非常に詳しく解説されています。 インターネット業界でコードを書くならネットワークの知識がないといいコードは…

昨日さくらVPSを契約したのに続き、環境構築中です。 こちらを参考にしてpyenv/virtualenvを導入しました。 pyenv および virtualenv の使い方 - Qoosky python2.7.11とpython3.5.1をインストールしました。python2.7.11環境にFlaskを入れて、localhostで"He…

さくらインターネットの「さくらVPS」始めました。情報の多いCentOSが使えるのがいいですね。 vps.sakura.ad.jp今回はこちらに紹介のガイドに従って設定しました。普段使っているTeratermでやり方を紹介してくれているので助かります。 help.sakura.ad.jpさ…

配列を逆順にする方法を考えます（pythonなのでリストを使います）。 言語組み込みのメソッド 最初に言語組み込みのメソッドを使ってみます。 ls = [3, 1, 4, 1, 5, 9, 2, 6, 5, 3] ls.reverse() print ls ls = [3, 1, 4, 1, 5, 9, 2, 6, 5, 3] print ls[::-…

以前WormBaseの情報を取得するのにRESTful API経由で取得する方法を紹介しました。 WormBase RESTful APIを使って好きな情報を取得する - toricor’s memoWormBaseのリリースごとのデータ全部とか、C. elegans以外の遺伝子一覧とか、まとまった情報をファイル…

toricor.hatenablog.com 上の記事とセットの記事です。 今度はcsvファイルに書き出します。ファイルをオープンするときにファイルモードを指定します。読み込み用はrでした。 書き込み時はwとaが主に使われます。 ・wはファイルが存在しなければ新しく作りま…

pythonのcsvモジュールを利用して、ファイルの読み書きを行います。 まずファイルを読み込みます。input.csv id,chromosome,physical_position WBVar00010869,IV,6377485 WBVar00010872,V,11574082 WBVar00020875,V,15406647# -*- coding: utf-8 -*- import …

toricor.hatenablog.com 上の記事の続きです。 WormBaseのRESTful APIを利用して、json形式のデータを得ます。 使用するモジュールはrequestsです。 今回はrequestsモジュールの他に組み込みのjsonモジュールについても簡単に述べます。 requests導入や利用…

おかげさまでぽつぽつと買ってもらっています。もう少しでようやく振込処理してもらえるところまで来ました。 支払方法が銀行振り込みとLINE Payを選べますが、銀行振り込みでは手数料が500円くらいかかってしまうのでLINE Payにしたいと思います。 LINE Pay…

さくらインターネットで借りたレンタルサーバーを使って苦労しながらlinux(unix)をいじっています。 今日はディレクトリ構造を可視化するための便利なツールがあるということで早速入れてみました(linux初心者にとってはまだまだツールひとつ入れるだけで大…

WormBaseにRESTful APIからアクセスしたときに出来心で、ふとXML形式で取得しようと思いました。 しかしContent-type: text/xmlだとちゃんとxmlで返ってきますが、Content-type: application/xmlとするとyamlで返ってきてしまいました。まあjsonで結果が得ら…

気になったので調べた。 結論 どちらでもよい、が、application/xmlを推奨。 根拠 RFC3023(2001年)にはapplication/xmlとtext/xmlの使い分けについてガイドラインがあったが、RFC3023はRFC7303(2014年)に置き換えられている。RFC7303の§9.2によれば、XML doc…

【線虫研究者向け・プログラミング初心者向け】 生物系のデータベースにはいろいろありますが、今日は線虫に特化したWormBaseというデータベースの便利な使い方について、特にRESTful APIとプログラミングを利用して自分が欲しい情報を取得する方法について…

シンタックスハイライトの練習のためにいくつか過去にかいたコードを載せてみます。ソースコードを色付けして記述する（シンタックス・ハイライト） - はてなダイアリーのヘルプ 数えたら483種類のハイライト形式に対応してますね（2016/1/5)。ハイライトも…