csvモジュールを利用してファイルを読み込む
pythonのcsvモジュールを利用して、ファイルの読み書きを行います。
まずファイルを読み込みます。
input.csv
id,chromosome,physical_position WBVar00010869,IV,6377485 WBVar00010872,V,11574082 WBVar00020875,V,15406647
# -*- coding: utf-8 -*- import csv f = open('input.csv', 'rb') #読み込むファイルを指定する。読み込み専用(r)かつバイナリモード(b)で開く(windows)。 data_reader = csv.reader(f) #csv.reader()関数にファイルオブジェクトを渡す。 for row in data_reader: #data_readerから要素をひとつずつ取り出す。 print row f.close() #ファイルオブジェクトを使い終わったのでクローズする。
#実行結果 ['id', 'chromosome', 'physical_position'] ['WBVar00010869', 'IV', '6377485'] ['WBVar00010872', 'V', '11574082'] ['WBVar00020875', 'V', '15406647']
※別の書き方
# -*- coding: utf-8 -*- import csv with open('input.csv', 'rb') as f: # with文 data_reader = csv.reader(f) for row in data_reader: print row
with文を使うと、withブロックを抜けたところで自動的にファイルのクローズを行ってくれるので、f.close()の書き忘れを防ぐことができます。with文の内部で例外が発生した場合もファイルをクローズしてくれます。
※バイナリモード/テキストモードの説明については以下の記事がわかりやすいです。
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