いももちのきもち

新米プログラマによる技術的メモ

生物学

WormBaseのftpサイトについて

以前WormBaseの情報を取得するのにRESTful API経由で取得する方法を紹介しました。 WormBase RESTful APIを使って好きな情報を取得する - toricor’s memoWormBaseのリリースごとのデータ全部とか、C. elegans以外の遺伝子一覧とか、まとまった情報をファイル…

requestsモジュールを利用してjson形式でレスポンスを得る

toricor.hatenablog.com 上の記事の続きです。 WormBaseのRESTful APIを利用して、json形式のデータを得ます。 使用するモジュールはrequestsです。 今回はrequestsモジュールの他に組み込みのjsonモジュールについても簡単に述べます。 requests導入や利用…

WormBaseでMIMEタイプをapplication/xmlにするとなぜかtext/x-yamlで返ってくる

WormBaseにRESTful APIからアクセスしたときに出来心で、ふとXML形式で取得しようと思いました。 しかしContent-type: text/xmlだとちゃんとxmlで返ってきますが、Content-type: application/xmlとするとyamlで返ってきてしまいました。まあjsonで結果が得ら…

WormBase RESTful APIを使って好きな情報を取得する

【線虫研究者向け・プログラミング初心者向け】 生物系のデータベースにはいろいろありますが、今日は線虫に特化したWormBaseというデータベースの便利な使い方について、特にRESTful APIとプログラミングを利用して自分が欲しい情報を取得する方法について…